byte[] sign1 = ...; // Тут уже может быть несколько ЭП в одном сообщении. 
byte[] sign2 = ...; // Тут, для простоты, всегда одна ЭП

CAdESSignature cs = new CAdESSignature(new ByteArrayInputStream(sign1), null, null);
cs.verify(null); // Тут OK
CAdESSignature cs2 = new CAdESSignature(new ByteArrayInputStream(sign2), null, null);
cs2.verify(null); // Тут OK

Collection<SignerInformation> updatedSignerInfos = new ArrayList<SignerInformation>();
CAdESSigner[] signers = cs.getCAdESSignerInfos();
for (CAdESSigner signer : signers) {
    updatedSignerInfos.add(signer.getSignerInfo());
}
CAdESSigner[] signers2 = cs2.getCAdESSignerInfos();
for (CAdESSigner signer : signers2) {
    updatedSignerInfos.add(signer.getSignerInfo());
}

SignerInformationStore dstSignerInfoStore = new SignerInformationStore(updatedSignerInfos);
ByteArrayOutputStream newCMSSignedDataBuffer = new ByteArrayOutputStream();
CAdESSignature.replaceSigners(new ByteArrayInputStream(sign1), dstSignerInfoStore, newCMSSignedDataBuffer);

byte[] result = newCMSSignedDataBuffer.toByteArray();

// Контрольная проверка:
CAdESSignature csF = new CAdESSignature(new ByteArrayInputStream(result), null, null);
csF.verify(null); // Вот тут все плохо бывает. Например ru.CryptoPro.CAdES.exception.CAdESException: Certificate: sn ...  not found

byte[] data = ... // исходный файл, в примере это 3.jpg
new CAdESSignature(new ByteArrayInputStream(sign1), new ByteArrayInputStream(data), null);

            byte[] result = ....; // это вот чем пример исходный закончился - объединением подписантов. 
            CMSSignedData signedData = new CMSSignedData(result);
            
            List certs = new ArrayList<Certificate>();
            certs.addAll(cs.getCertificateStore().getMatches(null));
            certs.addAll(cs2.getCertificateStore().getMatches(null));

            List crls = new ArrayList<Certificate>();
            crls.addAll(cs.getCrlStore().getMatches(null));
            crls.addAll(cs2.getCrlStore().getMatches(null));

            signedData = CMSSignedData.replaceCertificatesAndCRLs(signedData, new CollectionStore(certs), null, new CollectionStore(crls));
            result = signedData.getEncoded();

            // Теперь все ОК:
            CAdESSignature csF = new CAdESSignature(new ByteArrayInputStream(result), null, null);
            csF.verify(null);