Вполне может быть. Только, насколько мне известно, через внешний клиент JaCarta не видны наши контейнеры. Более того, сертификаты к нашим ключам не хранятся в явном виде на карте. Так что, скорее всего, это либо контейнер другого прикладного ПО, либо мусорные файлы.

Чтобы убедиться, что карта рабочая, попробуйте выпустить сертификат и создать ключевой контейнер через наш тестовый УЦ. Открывать через Internet Explorer.

После генерации ключевой пары и установки сертификата вы сможете их увидеть через "Панель управления - КриптоПро CSP - Сервис - Протестировать контейнер". В принципе, можете затем посмотреть на набор файлов, видимый через клиент JaCarta, и убедиться, что, хотя была сгенерирована новая ключевая пара, дополнительных файлов и сертификатов в окне не появилось.