Удалось накопать то, что механизм формирования данных немного отличается на клиенте и на сервере.



Т.е. на клиенте мы кое как готовим строку в Base64, а дальше уже не участвуем в переводе ее в массив байт, а на сервере эту часть мы должны взять на себя и делаем это неправильно.

Предполагаю, что причина в том, что строку мы формируем как Base64('текст 1')+Base64('текст 2'), а стандартный вызов Base64.decode() делает не тоже самое, что делается на клиенте.

Выяснилось это, получив неравенство: Base64('текст 1')+Base64('текст 2') != Base64('текст 1'+'текст 2')
Для примера:


При этом выяснил, что есть online-декодеры, которые умеют корректно работать с обоими вариантами, а есть которые нет, т.е. вполне может быть что мы пользуемся неправильной реализацией класса Base64 (прилагаю в аттаче класс, который используется).