Следую документации, создал сертификат аутентификации ЦР файл .p7b (уже пробывал сменить) переношу на ЦР. На ЦР выбираю добавление роли сервера ЦР, указываю новый сертификат аутентификации, но ошибка все прежняя. Скрин перевыпущенного сертификата на ЦС 6.png (55kb) загружен 18 раз(а).

Если вы бы следовали документации, то:
1. Вы бы создавали запрос на ЦР.
2. Переносили бы его на ЦС.
3. Выпускали бы по этому запросу сертификат и переносили бы ответ на ЦР.
Судя по тому, что вы пишите, вы создаете и выпускаете клиентский ключ ЦР на сервере ЦС.

Повторюсь, Вы можете не создавать новые ключи, а просто уже готовый перенести с сервере ЦС на сервер ЦР.

Чтоб не путаться, я рекомендую начать с самого начала. (удалить все и развернуть УЦ согласно ЖТЯИ.00078 01 90 02 ПАК КриптоПро УЦ 2.0. Руководство по установке)

Если не получится сделать все с самого начала, то создавайте заявку на портале ТП https://support.cryptopro.ru